1. Vị trí, chức năng

a. Vị trí: Bệnh viện Y Dược cổ truyền tỉnh Thanh Hóa là đơn vị sự nghiệp y tế, trực thuộc Sở Y tế tỉnh, là tuyến khám bệnh, chữa bệnh bằng  y, dược cổ truyền cao nhất của tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương.

Bệnh viện Y Dược cổ truyền tỉnh có tư cách pháp nhân, có trụ sở làm việc tại địa bàn tỉnh, có con dấu riêng và được mở tài khoản tại kho bạc nhà nước theo quy định cuả pháp luật.

b. Chức năng: Thực hiện khám bệnh, chữa bệnh đa khoa và phục hồi chức năng bằng Y học cổ truyền, kết hợp Y học cổ truyền với Y học hiện đại; nghiên cứu khoa học, bảo tồn và phát triển y, dược cổ; đào tạo, chỉ đạo tuyến về chuyên môn kỹ thuật và là cơ sở thực hành về y, dược cổ truyền của các cơ sở đào tạo y, dược và các đơn vị có nhu cầu.

c. Nhiệm vụ: Bệnh viện Y Dược cổ truyền Thanh Hóa Với chức năng là bệnh viện hạng II về y học cổ truyền bệnh viện thực hiện nhiệm vụ:

1. Khám chữa bệnh: Tổ chức khám chữa bệnh nội trú, ngoại trú, thực hiện chăm sóc sức khỏe ban đầu bằng các phương pháp Y học cổ truyền hoặc kết hợp Y học cổ truyền và Y học hiện đại (YHCT và YHHĐ) theo qui định

2. Kế thừa và nghiên cứu khoa học

- Nghiên cứu, xác minh, đánh giá và kế thừa các bài thuốc cổ truyền, các cây, con làm thuốc, các phương pháp chữa bệnh bằng YHCT, góp phần làm phong phú và phát triển nền Y học cổ truyền Việt Nam

- Nghiên cứu kết hợp YHCT và YHHĐ , xây dựng nền y học Việt Nam theo nguyên tắc: Khoa học, Dân tộc và Đại chúng.

3. Đào tạo cán bộ:

- Bệnh viện YDCT là cơ sở thực hành cho các trường đại học, cao đẳng, trung học Y, Dược và Y học cổ truyền.

- Tổ chức bồi dưỡng và đào tạo lại về YHCT cho cán bộ, công chức làm công tác YHCT và các cán bộ y tế khác.

4. Chỉ đạo tuyến

- Lập kế hoạch và chỉ đạo tuyến về chuyên môn kỹ thuật YHCT

- Có vườn thuốc nam mẫu tại Bệnh viện. Thực hiện công tác CSSKBĐ bằng YHCT tại cộng đồng.

5. Phòng chống dịch: Dưới sự chỉ đạo của Sở Y tế, phối hợp với các cơ sở y tế dự phòng và các trung tâm y tế tuyến huyện để phòng chống dịch bệnh bằng phương pháp YHCT hoặc kết hợp YHCT và YHHĐ khi có dịch bệnh xảy ra trên địa bàn.

6. Tham gia công tác tuyên truyền giáo dục dức khỏe cho cộng đồng.

7. Tổ chức bào chế thuốc phiến và một số dạng thuốc cổ truyền thông dụng (cao, đơn, hoàn, tán, rượu,..) dùng trong bệnh viện.

8. Quản lý kinh tế y tế: Quản lý và sử dụng có hiệu quả ngân sách Nhà nước cấp và các nguồn kinh phí khác. Thực hiện thanh quyết toán đúng theo qui định của pháp luật.

9. Hợp tác quốc tế: tham gia các chương trình hợp tác quốc tế về YHCT với các tổ chức và cá nhân nước ngoài theo qui định của Nhà nước.